Tiene como principal objetivo la información y formación medioambiental a la sociedad en general sobre la flora y la fauna marítima del Mar de Alborán.Limpiezas de basuras flotantes y submarinas. Recuperación de microáreas marinas y la regeneración y plantación de corales y parques de arrecifes.
La Liga Naval Mar de Alborán está en negociaciones con la Armada para quedarse con el buque NEPTUNO para seguir usándolo en labores medioambientales y de conservación del ecosistema. Colaborando con empresas y otras organizaciones y ONG en proyectos.
El mar de Alborán es un lugar prioritario para el nacimiento, alimentación y paso migratorio de especies comerciales como la sardina, el boquerón o el atún rojo y hábitat de otras de enorme valor ecológico como praderas de fanerógamas, algas y corales. Además, es la zona de mayor densidad de cetáceos del Mediterráneo donde abundan delfines, ballenas piloto, orcas, cachalotes y rorcuales.